Выравнивание ридов с референсом из 12 практикума в формате .bam было переведено в формат .bed. Затем с помощью bedtools intersect были получены те гены, на которые попали риды, с глубиной покрытия.
| Команда | Что делает |
| bedtools bamtobed -i chr2_align.bam > chr2_align.bed | Перевод выравнивания из бинарного формата в формат .bed. |
| bedtools intersect -a /P/y14/term3/block4/SNP/rnaseq_reads/gencode.genes.bed -b align.bed -c | grep -r "^chr8" | grep -w -v 0 > intersect.bed | Находит пересечение генома с выравниванием ридов, затем оставляет только те, которые относятся ко 2-ой хромосоме, наконец, оставляет только те пересечения, покрытие которых не ноль. Параметр -c необходим для того, чтобы сразу получить покрытие. |
Таблица с обзором белков:
| Ген | Покрытие | Полное имя | Координаты | Размер | Число экзонов/интронов | Цепь | Функция |
| CCDC88A | 3118 | coiled-coil domain containing 88A | 55514978 - 55647057 | 132079 | 34/33 | - | This gene encodes a member of the Girdin family of coiled-coil domain containing proteins. |
| ATG16L1 | 5437 | autophagy related 16 like 1 | 234118697 - 234204320 | 85623 | 19/18 | + | The protein encoded by this gene is part of a large protein complex that is necessary for autophagy |
| SCARNA5 | 218 | small Cajal body-specific RNA 5 | 234184373 - 234184648 | 275 | 1 | + | - |
| MLPH | 1596 | melanophilin | 238394071 - 238463961 | 69890 | 20/19 | + | This gene encodes a member of the exophilin subfamily of Rab effector proteins |
Таблица с командами
| Команда | Что делает | |
| 1. Получите из файла c выравниванием файл с чтениями в формате fastq. | ||
| bedtools bamtofastq -i chr2_align.bam -fq chr2_align.fastq | -i 'имя входного файла в формате .bam', -fq 'имя выходного файла в формате .fastq' | |
| 2. Получите файл с нуклеотидной последовательностью (.fasta) для одного из покрытых Вашими чтениями генов. | ||
| bedtools getfasta -bed part.bed -fi chr2.fasta > part.fasta | -bed 'Интервал, который необходимо извлечь в формате bed', -fi 'Последовательность, из которой необходимо извлечь интервал в формате fasta'. | |
| 3. Разбейте свою хромосому на фрагменты по 1 млн нуклеотидов. Какова длина хромосомы в нуклеотидах? Сколько в результате получилось интервалов? | ||
| bedtools makewindows -g chr2_len.txt -w 1000000 > split.bed | Файл chr2_len.txt: "chr2 243199373", где большое число - длина хромосомы, которая была подсчитана infoseq. Параметр -w задаёт длину фрагмента. В результате получилось 244 интервала. | |